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色素作为物质颜色的化学物质，天然色素和人工色素尽管都是为了改善或改变物品的外观，但它们的性质和应用都大不相同。那么，它们有如下区别：
天然色素是从天然植物、动物或矿物中提取的。这些色素主要存在于植物的果实、花朵、根茎、叶片等部位。平常见的栀子果中的栀子黄色素，这是天然来源的色素。天然色素的一个显著特点是，它们在自然界中早已存在，通过传统的提取技术可以获取。
与天然色素不同，人工色素是通过化学合成方法在实验室或工业生产中制造出来的。人工色素往往是由一些化学原料通过反应、加工得到的。常见的合成色素如红色的胭脂红等，均为人工合成的产物。它们的化学结构通常比天然色素复杂，且往往不是自然界中原本存在的成分。
天然色素的化学结构通常较为简单，且在自然界中存在的种类相对有限。胡萝卜素是常见的天然色素，通常由简单的有机分子组成。这些色素分子往往与植物的其他生物分子有较好的亲和性，能够在提取过程中比较容易地被分离和纯化。
人工色素的化学结构相对复杂，且具有多样性。通过化学合成，人工色素可以设计出各种不同的分子结构，这使得它们在色彩选择上具有更大的灵活性。人工色素的分子往往含有某些人工合成的基团，这些基团赋予它们不同于天然色素的化学性质。
